Las causas exactas que desataron la Guerra Federal son múltiples. Conservadores y liberales se achacan mutuamente la culpa. Los primeros consideran que fue la propaganda de los liberales con su reparto de tierras y con la abolición de la esclavitud, lo que subvertió el orden político y social y desencadenó la tormenta. Para los segundos, los conservadores son los responsables de ella, con su negativa a liberalizar el gobierno, a ampliar su base dándole cabida a las personalidades de doctrina opuesta a su errada política económica, que produjo la crisis del año cuarenta y seis, y con la formación de una oligarquía política y social que retrotraía al país a los días de la Colonia.
Distintas y variadas son las causas que la determinaron. Económicas, sociales, políticas, e ideológicas engendraron esta situación.
Sintetizando se puede decir que las que más causaron un impacto significativo en la época fueron: